مدرسه فاضلخان، مدرسه معروفی بود در مشهد خراسان. از بناهای فاضلخان علاءالدولۀ تونی که در پیرامن 1060 هجری قمری به ساختمان آن آغاز کرد و برادرش ملا عبدالله تونی در 1075 هجری قمری آن را به پایان رسانید و در1064 هجری قمری کتابخانه ای شامل 366 جلد کتاب بر آن وقف کرد و روزبروز بر آن افزوده گشت. صاحب مطلعالشمس بهای تقریبی این کتابخانه را به نقل از سفرنامۀ فرزهفتادهزار تومان تعیین کرده است لیکن چون در 1308 هجری شمسی این کتابخانه را به آستان رضوی در مشهد منتقل کردند از مجموع کتب آن بیش از سیصد جلد نمانده بود، در 1309 هجری شمسی فهرستی برای این کتابخانه تهیه و چاپ شد. لیکن در 1311 هجری شمسی این مدرسه داخل فلکه قرار گرفت و خراب شد و این کتابخانه متفرق گردید، برخی از آن را به کتاب خانه آستانه بردند و برخی دیگر رابه مدرسه نواب منتقل ساختند. (الذریعه ج 9 ص 403)
