خانان خوقند طایفه ای بوده اند که در فرغانه از حدود 1112 تا 1293هجری قمری حکمرانی کرده اند. لین پول در طبقات سلاطین چنین آرد: شاهرخ که مدعی رساندن نسب خود به چنگیزخان بود در حدود 1112 هجری قمری (1700 میلادی) خویشتن را در فرغانه مستقل خواند و سلسلۀ خانان خوقند را تأسیس کرد. در سال 1215 هجری قمری (1800 میلادی) تاشکند ضمیمۀ خوقند شد. خاقان خوقند در 1293 هجری قمری (1876 میلادی) بتصرف روسیه درآمد. اسامی سلاطین آن طایفه بدین قرار است: اسامی سال هجری سال میلادی شاهرخ 1112 1700 رحیم - - عبدالکریم - - اردنی - - سلیمان 1184 1770 شاهرخ ثانی 1184 1770 نربوته 1184 1770 علیم 1215 1800 محمدعمر 1224 1809 محمدعلی 1237 1822 شیرعلی 1256 1840 مراد 1261 1845 خدایار 1261 1845 ملا 1273 1858 شاه مراد 1275 1859 خدایار (مجدداً) 1277 1861 سیدسلطان 1280 1864 خدایار (دفعۀ سوم) 1288 1871 ناصرالدین 1292-1293 1875-1876. متصرفات این سلسله هم ضمیمۀ روسیه شد. (از طبقات سلاطین لین پول ترجمه عباس اقبال صص 251- 252)
