امیر باباجان یکی از سه تن سردار بدیع الزمان میرزا که در سال 911 هجری قمری بر دست قوای محمدخان شیبانی کشته شد: در اوایل سنۀ احدی عشر و تسعمائه که سلطان بدیع الزمان میرزا در ولایت قندهار تشریف داشت در ممالک بلخ و توابع حاکمی صاحب وجود که به دارائی سپاهی و رعیت قیام تواند نمود، نبود و محمدخان شیبانی که همواره همت عالی نهمتش بر سر انجام امور کشورستانی مقصور بود متعاقب و متواتر جنود جلادت مآثر بدین جانب جیحون میفرستاد تا لوازم قتل و غارت و تخریب شهر و ولایت ظاهر میگردانیدند ...، و در پائیز سنۀ مذکوره جمعی کثیر از آن لشکر برق اثر تا ولایت میمنه و فاریاب تاخته بنهب و تاراج فرق عباد پرداختند واموال بسیار غنیمت گرفته رایت استیلا و تسلط برافراختند، ولد امیر ابوالقاسم ارلات محمد قاسم میرزا که نسبش از جانب مادر به میرزا بایسنقر می پیوست ... باتفاق امیرشیرم جلایر و امیر باباجان ولد خواجه جلال الدین میرکی که در آن حدود اقامت داشتند متوجه دفع آن جماعت گشتند و بین الجانبین غبار جنگ و شین ارتفاع یافته اوزبکان را صورت ظفر و نصرت روی نمود و آن سه سردار بعز شهادت فایز شده ... (حبیب السیر چ خیام ج 4 ص 315)
